MIN 3 Pontianak merupakan salah satu madrasah ibtidaiyah negeri yang tidak hanya fokus pada pengembangan akademik siswa, tetapi juga menekankan pentingnya pengembangan bakat dan karakter melalui kegiatan ekstrakurikuler. Dalam rangka mengenalkan berbagai pilihan kegiatan tambahan di luar jam pelajaran, pihak madrasah secara rutin mengadakan kegiatan Pengenalan Ekstrakurikuler setiap awal tahun ajaran.
Kegiatan ini bertujuan untuk:
Memberikan informasi kepada siswa mengenai berbagai jenis kegiatan ekstrakurikuler yang tersedia di sekolah.
Mendorong siswa untuk mengembangkan minat dan bakat mereka di bidang non-akademik.
Menumbuhkan rasa percaya diri, kerja sama, dan tanggung jawab melalui aktivitas yang menyenangkan dan bermanfaat.
Beberapa ekstrakurikuler yang diperkenalkan di MIN 3 Pontianak antara lain:
Pramuka:

Ektrakurikuler wajib, melatih kedisiplinan, kemandirian, dan kepemimpinan siswa.
Paskibra:

Melatih kedisiplinan, kemandirian, dan kepemimpinan siswa

Mengasah keterampilan musik dan kekompakan dalam tim.

Mendukung siswa dalam memahami serta melafazkan Al-Qur’an dengan indah nan merdu.

Seni musik Islami yang menumbuhkan kecintaan terhadap syiar Islam.

Meningkatkan kesehatan jasmani dan ketahanan fisik dengan olahraga.
Taekwondo:

Meningkatkan ketahanan fisik dengan ilmu bela diri.
Untuk selengkapnya bisa dilihat di bagian informasi Ekstrakurikuler / Ekskul di website MIN 3 PONTIANAK