Mengikuti Ekstrakurikuler Pramuka MIN 3 Pontianak bertujuan untuk membentuk karakter, kedisiplinan, tanggung jawab, dan jiwa kepemimpinan siswa melalui aktivitas kepramukaan. Kegiatan ini mengacu pada prinsip dasar kepramukaan dan metode pendidikan nonformal yang mendukung pengembangan potensi peserta didik secara menyeluruh.

Dalam kegiatan Pramuka, siswa akan dilatih untuk bekerja sama dalam kelompok, mengasah keterampilan bertahan hidup di alam terbuka, serta menumbuhkan rasa cinta tanah air. Beberapa kegiatan rutin meliputi baris-berbaris, tali-temali, sandi-sandi, penjelajahan, perkemahan, bakti sosial, serta latihan kepemimpinan.

Ekstrakurikuler Pramuka ini bersifat wajib di MIN 3 Pontianak dan sangat dianjurkan bagi siswa yang ingin mengembangkan sikap mandiri, berani, dan bertanggung jawab. Pramuka juga sering mengikuti lomba-lomba tingkat lokal maupun nasional, serta kegiatan kemah besar seperti Jambore.